日前，中国科学院昆明植物研讨所研讨员李德铢带领的研讨团队在《分子植物》上在线宣布论文，发布了“竹类组学和分类学信息渠道（BambooBase，）”。
BambooBase收录了竹类植物18个基因组、476个转录组和16个表观基因组的数据，以及135个属的分类学信息，用户界面友爱，可为全球从事竹类相关研讨的人员供给一站式数据支撑。
竹类植物是竹亚科（Bambusoideae）植物的总称，与水稻、小麦、大麦和燕麦同归于禾本科BOP分支，具有极端严重的经济、生态和文明价值。2013年以来，毛竹和芸香竹的基因组草图，以及麻竹参阅基因组相继完结。最近，科研团队又在《天然—遗传学》上宣布论文，发布了11个代表各首要分支和倍性的竹类植物参阅基因组。至此发布的竹类植物基因组已有18个，其间6个为草图，12个为染色体水平的高质量参阅基因组（2个草本竹类和10个木本竹类）。
在科研团队看来，为更好地服务竹类植物的体系进化和功用研讨，有用概括和收拾这些海量组学和分类学数据成为火急需求。
在BambooBase的开发中，研讨团队根据序列相似性和基因共线性信息，构建了竹亚科物种基因组/亚基因组间的同源基因数据集。渠道供给了丰厚的生物信息学东西，便利用户对不同竹类植物基因以及基因同源联系进行查询、剖析和可视化。用户都可以在“Help”栏目查阅渠道运用手册。
科研人员介绍，因为竹类植物经历过屡次异源多倍化事情，各首要分支间具有杂乱的网状演化联系，同源基因的判定比较困难。
针对这一困难，该渠道挑选水稻作为外类群，以亚基因组为单位，经过整合序列相似性和基因共线个亚基因组的基因聚类划分到166,307个共线直系同源基因簇（Syntelog Groups，SGs）。与仅运用序列相似性信息聚类办法取得的基因簇比较，SGs在区别直系同源基因和旁系同源基因方面体现更优。
同严格要求基因复制数契合染色体倍性的“完美复制”（perfect-copy）办法比较，SGs供给了更灵敏和更全面的直系同源基因数据集。渠道用户都可以从方针基因动身，查询其地点同源基因簇的一切基因列表和基因树。
BambooBase为每个基因树立一张“卡片”，记载包含基因注释、各类安排和不同发育阶段表达量等根底信息，还可以从该卡片链接到基因组可视化和同源基因等模块和相关外部数据库。
此外，BambooBase供给了丰厚的查询、剖析和可视化东西，如微观和微观标准（亚）基因组共线性、序列查找比对、引物规划、同一竹种（如毛竹）不同拼接拼装版别的基因ID 转化、功用基因富集和共表达网络剖析等。
除了多组学数据外，竹类体系发育作业组（BPG II）版面会集介绍了竹亚科已知悉数3个族135属的首要分类学信息，包含每个属宣布时的原始文献、异名、形式种、形态学描绘和地理分布等。
中国科学院昆明植物研讨所副研讨员刘云龙、博士生高舒扬、副研讨员金桂花、周梦媛博士，以及安徽农业大学高琪娟博士为论文榜首作者，刘云龙、昆明植物研讨所研讨员马朋飞和李德铢为论文一起通讯作者，安徽农业大学教授夏恩华参加该数据库的构建作业。
